Az előző posztomban, ahol a microarray adatok metaelemzéséről írtam, nem említettem meg, hogy a legtöbb microarray minta emlőrákból volt. Ma megjelent a Nature-ben egy cikk, ahol Ding és munkatársai emlőrákból származó áttéteket vizsgáltak.
Egy 44 éves afro-amerikai nőben fejlődött ki egy basalis típusú emlőtumor. Még az elsődleges műtét előtt vettek biopsziával mintát, amit beoltottak immunodeficiens egerekbe. Ezután a kemoterápiás kezelés után kifejlődő agyi áttétből is vettek mintát. Így végül is négy mintájuk volt, a műtét idején vett vér, mint kontroll, az elsődleges tumor a kezelés előtt, az egérből (101 nap után) kivett áttét, valamint az agyi áttét. Ezt a négy mintát aztán Illumina-val megszekvenálták átlag 30x lefedettséggel. Csakhogy elképzeljük ennek a mennyiségét, a vérmintából például 130 milliárd bázispárt olvastak le, amit ha csak magában egy sorban kiírnánk egy fájlba (egy karakter = 1 byte), akkor az 117.19 GByte helyet foglalna el a merevlemezen. Persze ez sokkal több lesz, hiszen a fájl tartalmazni fogja a bázisokhoz rendelt minőségi értékeket, 50 bp-onként egy fejlécet, na meg a sor vége jeleket is. Végül is ki fog jönni több, mint fél terabyte.
Mi a cikk eredménye?
- Bár ez már a sokadik megszekvenált tumor minta, még mindig van egy csomó nyitott kérdés, a daganat kialakulásának a genomikai vonatkozásairól.
- Az látszik, hogy mindhárom rákos mintában, bár nem 100%-osan, de ugyanazok a mutációk vannak, azaz az egyik korábbi posztomban említett, a rákos sejtek genomszekvenálásán alapuló rákdiagnosztikai módszer működőképes lehet. Fontos még, hogy az egérbe oltott, és ott metasztázist adó daganat alkalmas a funkcionális genomikai, molekuláris biológiai vizsgálatokra, mert nem különbözik számottevően az elsődleges tumortól.
- Az egyes mutáns allélok, az egyes áttétekben eltérő mértékben szaporodnak fel.
- Az allélek arányának az elemzéséből megállapítható, hogy a metasztázisok egy viszonylag kis sejtpopulációból indulnak ki.
- Természetesen részletesen feltérképezték a tumorspecifikus pontmutációkat, kisebb és nagyobb deléciókat, inszerciókat, kromoszóma átrendeződéseket.
- Az ínyencek számára még elemeztek még egy csomó mindent, például a pontmutációk típusait, vagy ellenőrzésképp az egeret is megszekvenálták, bár „csak” 4.4x lefedettséggel.
Összességében a cikk nagyon érdekes, lehet mazsolázni, hogy milyen génekben milyen mutációk vannak, milyen arányban, ugyanakkor számomra még mindig nem világos például, hogy mikor, miért és hogyan keletkeznek ezek a mutációk. Ugyancsak egy fontos kérdés, amit nem értek, hogy hogyan viszonyulnak ezek a mutációk a hordozó sejtek diploid mivoltához. Magyarul, ha képződik egy pontmutáció az egyik kromoszómán, akkor ugye a párján nem valószínű (vagy talán lehetséges, hogy vannak preferált mutációs pontok?) ugyanaz a mutáció (nem lehet homozigóta tumorspecifikus mutáció). Ezek szerint a maximum frekvenciája egy adott mutáns allélnek 50% lehet (ez is csak akkor, ha egy mutáns sejtből indul ki a tumor, vagy később szelektálódik rá). Ezzel szemben a szerzők által közölt táblázat szerint több esetben is jóval 50% feletti értékek vannak.
Utolsó kommentek