Genomikai blog

Miközben egyre több reklám sugallja, hogy az lenne számunkra a jó, ha gyakorlatilag steril körülmények között élnénk, tudvalevő, hogy mikrobák milliárdjaival élünk békés egymás élésben. Különböző mikroorganizmusok tömege és a bőrünkön, az emésztő szervrendszerünkben, a genitáliákban és a húgyutakban.
A metagenomika a környezeti mintákból származó kevert DNS izolátumokat szekvenál. Korábban már több érdekes cikk jelent meg az emberi bőrből és a belekből származó DNS minták metagenomikai elemzéséről. Már ezekből is világossá vált, hogy rajtunk és bennünk élő mikrobiom nagyon változatos, egyén és nem függő, és például összefüggésbe lehet hozni az elhízással.
A héten a Science-ben jelent meg egy cikk, amelyben az amerikai „US Human Microbiome Project” egy 157 millió dolláros, öt éves projekt bevezető lépéseként megszekvenáltak és annotáltak 178 mikroba törzset. A törzseket a fent említett helyekről vett mintákból tenyésztették (ez persze már egyből aránytalanságot is okoz, hiszen sok mikroorganizmus nem él túl mesterséges körülmények közt, ezért dolgoznak már az egy sejtből kiinduló szekvenálási technikákon). A szabadon elérhető adatbázisokban eddig 1300 mikroorganizmus teljes annotált szekvenciája volt elérhető, így ezek az új adatok több mint 10%-os növekedést jelentenek. Ráadásul eddig főleg a patogén törzsek voltak az érdeklődés középpontjában, a mostani törzsek meg jobbára békésen élnek bennünk és rajtunk.
Azt már az eddigi metagenomikai eredményekből is lehetett tudni, hogy a biológiai diverzitás a mikroorganizmusok szintjén sokkal nagyobb, mint eddig gondoltuk. A most annotált 178 törzsben 30 ezer új gént azonosítottak, amelyek még sok tudományos és gazdasági újdonsággal szolgálhatnak, és segíthetnek megérteni, hogy ezeknek a mikroorganizmusoknak mi a lehet a szerepük.