Iratkozz fel a blogra!

Magamról

Barta Endre vagyok, molekuláris biológus, bioinformatikus.

A célom ezzel a bloggal, hogy a saját szemszögemből bemutassam a genomikát.

Különböző rovatokat tervezek, így a napi és a heti hírek, a napi és a heti genomok, a miaza rovatot, amiben a genomika fogalmait próbálom bemutatni, és mivel elég későn csatlakoztam, lesznek retrospektív posztok is. Szeretnék néha egy kicsit provokatív is lenni és így érdemi vitákat generálni a szakmában és más érdeklődők között is.

E-mail: endre.barta [at] gmail.com

Friss topikok

  • madbal: Kedves Endre! En azt az informaciot talaltam, hogy a szekvenalas 454 technologiaval tortent, www.m... (2011.09.23. 15:19) Kender genomszekvenálás
  • attila.szanto: Szia Endre! Gratulalunk a bloghoz, nagyon szinvonalas es erdekes. Sok sikert hozza! (2010.05.01. 20:36) Mi az a referencia genom?

Utolsó kommentek

  • madbal: Kedves Endre! En azt az informaciot talaltam, hogy a szekvenalas 454 technologiaval tortent, www.m... (2011.09.23. 15:19) Kender genomszekvenálás
  • attila.szanto: Szia Endre! Gratulalunk a bloghoz, nagyon szinvonalas es erdekes. Sok sikert hozza! (2010.05.01. 20:36) Mi az a referencia genom?
  • Utolsó 20

Címkék

Linkblog

5000 dolláros genomszekvenálás

2011.05.10. 10:38 :: ebarta

A GenomeWeb szerint az Illumina csökkentette a humán genomszekvenálási szolgáltatása árait. Ez azt jelenti, hogy ha valaki tíz humán genom szekvenálását megrendeli, akkor csak 50 ezer dollárt kell fizetni (5000$ / genom). Ha ezt forintosítjuk (200 forintos dollárral és 25%-os Áfával számolva), akkor az jön ki, hogy 12.5 millió forintért meg lehetne határozni genomot. A szolgáltatásban vállalják a 30x autoszómális lefedettséget, és kézhez adják a durva szekvenálási adatokat, a genomra illesztett szekvenciákat és a minimum 3 millió SNP listáját (ennyivel még az „átlagember” is különbözik a referencia genomtól). Hozzáteszem, hogy a Complete Genomics, csak az első negyedévben 600 genomot szekvenált megrendelésre.


Érdemes ezen elgondolkodni egy kicsit. Bár egy kutatási (K) OTKA pályázatban nem lehet egy évre ennyit nyerni, és nem is hiszik el, hogy ennyiért lehet szekvenálni (az én OTKA pályázatomat azzal utasították el, hogy alulterveztem a TSS-seq szekvenálási költséget, ezért kivitelezhetetlen a pályázat), egy-két éve még a megboldogult NKTH pályázatokon három-négyszázmillió forintokat osztottak ki. Ehhez képest érthetetlen, hogy;

  • Miért nincs még magyar genom megszekvenálva?
  • Miért nem írtak még ki magyar genomikai pályázatokat?
  • Miért nincs erre a magyar államnak 10-20 millió forintja?
  • Miért nincsenek olyan magyar genomikai kutatóhelyek, amelyek már korábban pályáztak volna ilyen projektekre?
  • Miért nem érdekli a magyar gyógyszergyárakat a genomika?

Nem akarom a témát tovább ragozni, itt a blogomban már számtalan példát mutattam be, hogy hogyan lehet a genomikát, a genomszekvenálást használni az orvosi és a mezőgazdasági kutatásokban. És aki figyeli a fontosabb újságokat, az láthatja, hogy egyre több genomszekvenáláson alapuló publikáció jelenik meg a rák és a genetikailag öröklődő betegségek kutatásában, valamint természetesen a mezőgazdasági biotechnológiában is.

Az is világosan látszódik, hogy ezekben a publikációkban folyamatosan csökken a kísérleti kutatás aránya a bioinformatika ellenében mind a ráfordított pénzek, mind a felhasznált humán erőforrás tekintetében (a szerzők közt egyre több a bioinformatikus).
Megjegyzem, ez a trend előrevetíti ugyanazt a folyamatot, ami a microarray technológiánál játszódott le 4-5 éve. Nevesül hogy nagyon hamar megtörtént, hogy egy teljes genom csip olcsóbb lett, mint egy megrendelésre készített és csak a vizsgálandó géneket tartalmazó csip. Hasonlóan, az újgenerációs szekvenálásoknál is azt látom, hogy lassan olcsóbb lesz egy teljes genom szekvenálás (és amellett sokkal több információt is ad), mint például egy exom szekvenálás (exon-capture technikával). Ez azért is érdekes, mert az országban már van két nagy és vagy három kicsi (junior) Roche 454-es szekvenátor, amelyek leginkább csak a capture szekvenálásra alkalmasak (no meg mikrobiális projektekre, amelyekből szintén nem sok van itthon), és azt is nagyon nagy fajlagos költségekkel. Kíváncsi vagyok, mire fogjuk ezeket a nagyon drága gépeket használni.
 

És persze, ha valaki ezután akar beadni teljes genom szekvenálásra pályázatot, akkor akár már 3000 dolláros árral is számolhat, egészen biztos, hogy mire megnyeri a pénzt, már annál is olcsóbb lesz (csak a bírálók is elhiggyék ezt neki).

Szólj hozzá!

A bejegyzés trackback címe:

https://genomika.blog.hu/api/trackback/id/tr182892553

Kommentek:

A hozzászólások a vonatkozó jogszabályok  értelmében felhasználói tartalomnak minősülnek, értük a szolgáltatás technikai  üzemeltetője semmilyen felelősséget nem vállal, azokat nem ellenőrzi. Kifogás esetén forduljon a blog szerkesztőjéhez. Részletek a  Felhasználási feltételekben és az adatvédelmi tájékoztatóban.

Nincsenek hozzászólások.