Iratkozz fel a blogra!

Magamról

Barta Endre vagyok, molekuláris biológus, bioinformatikus.

A célom ezzel a bloggal, hogy a saját szemszögemből bemutassam a genomikát.

Különböző rovatokat tervezek, így a napi és a heti hírek, a napi és a heti genomok, a miaza rovatot, amiben a genomika fogalmait próbálom bemutatni, és mivel elég későn csatlakoztam, lesznek retrospektív posztok is. Szeretnék néha egy kicsit provokatív is lenni és így érdemi vitákat generálni a szakmában és más érdeklődők között is.

E-mail: endre.barta [at] gmail.com

Friss topikok

  • madbal: Kedves Endre! En azt az informaciot talaltam, hogy a szekvenalas 454 technologiaval tortent, www.m... (2011.09.23. 15:19) Kender genomszekvenálás
  • attila.szanto: Szia Endre! Gratulalunk a bloghoz, nagyon szinvonalas es erdekes. Sok sikert hozza! (2010.05.01. 20:36) Mi az a referencia genom?

Utolsó kommentek

  • madbal: Kedves Endre! En azt az informaciot talaltam, hogy a szekvenalas 454 technologiaval tortent, www.m... (2011.09.23. 15:19) Kender genomszekvenálás
  • attila.szanto: Szia Endre! Gratulalunk a bloghoz, nagyon szinvonalas es erdekes. Sok sikert hozza! (2010.05.01. 20:36) Mi az a referencia genom?
  • Utolsó 20

Címkék

Linkblog

Heti hírek 2010. március 28.

2010.03.29. 00:35 :: ebarta

Sejtmagvacska genomika
Német és spanyol laboratoriumokban meghatározták a sejtmagvacskához (nucleolus) kapcsolódó DNS (nucleolus-associated chromatin domains, NADs) szekvenciáját. A munkához NIMBLEGEN microarray-t és utána 454-es (Roche) szekvenálást használtak. Természetesen kiderült, hogy nem véletlenszerűen kapcsolódnak a kromatin (és így az egyes kromoszóma) darabok a sejtmagvacskához. A cikk a PLOS GENETICS-ben jelent meg, és külön öröm, hogy az első és egy másik szerző is magyar (Németh Attila és Péterfia Bálint).

Szarvasgomba genom
Az ősszel egy tarokkverseny nyereményből kifolyólag volt szerencsém részt venni egy hétfogásos szarvasgombás vacsorán a szilvásváradi Lovas étteremben, ami felejthetetlen gasztronómiai élményt jelentett. Ezért is örültem nagyon a következő  Nature cikknek:
Megszekvenálták a francia szarvasgomba (Tuber melanosporum) genomját. Természetesen, mint a szőlő genomnál, itt is francia-olasz együttműködésből született az eredmény. A nyáron volt szerencsém Franciaországban dolgozni egy keveset egy marha genomika projekten, és így láthattam, hogy ellentétben velünk, a franciák milyen komolyan gondolják a genomikát mezőgazdasági biotechnológiai kutatásokban. Láthattam többek közt egy mezőgazdasági genomikai pályázat nyerteseinek listáját, és hát csak irigykedni tudtam.
Szóval a szarvasgomba genom azért érdekes, mert ugye szimbiózisban él egyes fák gyökereivel. És valóban a genom szekvencia bioinformatikai elemzése és összehasonlítása más gombagenomokkal kimutatta, hogy létrejött egy egyfajta szimbiózis génszett, valamint hiányoznak a szénhidrátokat lebontó enzimek. Az eredmény segíthet megérteni a szimbiózis és a termőtest kialakulásának jelenleg még elég rejtélyes folyamatát és hozzásegíthet a gomba gazdaságosabb és gyorsabb termesztéséhez.

A rizs transzkriptom komplexitása.
A Genome Research-ben jelent meg egy cikk (sajnos még nem tudtam letölteni), hogy kínai és dán kutatók vizsgálták újgenerációs szekvenálással (paired-end RNA-seq) a rizs nyolcféle szervének a transzkriptomját (az adott típusú sejtekben expresszálódó össz-RNS-t). Talán nem meglepő az eredmény, hogy sokkal komplexebb (újabb transzkriptok, újabb alternatív splice variánsok, és érdekes kivágódási melléktermékek), mint azt korábban gondolták.

Szólj hozzá!

Címkék: növény roche ngs rna seq hetihírek

A bejegyzés trackback címe:

https://genomika.blog.hu/api/trackback/id/tr41876339

Kommentek:

A hozzászólások a vonatkozó jogszabályok  értelmében felhasználói tartalomnak minősülnek, értük a szolgáltatás technikai  üzemeltetője semmilyen felelősséget nem vállal, azokat nem ellenőrzi. Kifogás esetén forduljon a blog szerkesztőjéhez. Részletek a  Felhasználási feltételekben és az adatvédelmi tájékoztatóban.

Nincsenek hozzászólások.