Iratkozz fel a blogra!

Magamról

Barta Endre vagyok, molekuláris biológus, bioinformatikus.

A célom ezzel a bloggal, hogy a saját szemszögemből bemutassam a genomikát.

Különböző rovatokat tervezek, így a napi és a heti hírek, a napi és a heti genomok, a miaza rovatot, amiben a genomika fogalmait próbálom bemutatni, és mivel elég későn csatlakoztam, lesznek retrospektív posztok is. Szeretnék néha egy kicsit provokatív is lenni és így érdemi vitákat generálni a szakmában és más érdeklődők között is.

E-mail: endre.barta [at] gmail.com

Friss topikok

  • madbal: Kedves Endre! En azt az informaciot talaltam, hogy a szekvenalas 454 technologiaval tortent, www.m... (2011.09.23. 15:19) Kender genomszekvenálás
  • attila.szanto: Szia Endre! Gratulalunk a bloghoz, nagyon szinvonalas es erdekes. Sok sikert hozza! (2010.05.01. 20:36) Mi az a referencia genom?

Utolsó kommentek

  • madbal: Kedves Endre! En azt az informaciot talaltam, hogy a szekvenalas 454 technologiaval tortent, www.m... (2011.09.23. 15:19) Kender genomszekvenálás
  • attila.szanto: Szia Endre! Gratulalunk a bloghoz, nagyon szinvonalas es erdekes. Sok sikert hozza! (2010.05.01. 20:36) Mi az a referencia genom?
  • Utolsó 20

Címkék

Linkblog

Genomszekvenálás kínai léptékkel

2010.03.02. 22:55 :: ebarta

A nap (ál?)híre.

Kaptam egy E-mail-t (a "Biotaq.Net Services" services@biotaq.net címről), amiben nagyon érdekes dolgok vannak (a felívás itt is elolvasható):

Ha hamarabb kezdtem volna a blogot, akkor már megírtam volna azt a korábbi hírt, hogy az Illumina piacra dobta a „HiSeq(TM) 2000 Sequencing Systems” legújabb szekvenálókészülékét, és úgy mellékesen azt is bejelentették, hogy a kínai „Beijing Genomics Institute (BGI)” egyből megrendelt egy csomót ( 690 ezer a listaár!).
A mostani E-mail szerint a BGI 128 darabot szerez be (ami attól függően, hogy mennyi kedvezményt kapnak, egymaga belekerülhet 60-80 millió dollárba), és ezzel a világ legnagyobb genom(szekvenáló) központja jön létre. Jellegzetes kínai hozzáállás. Emlékszem, hogy először akkor hallottam a BGI-ről, amikor a rizsgenomot megszekvenálták „erőből” (és hát az eredmény minősége messze nem volt tökéletes).
De számomra nem is ez (ha igaz, és megvalósul egyáltalán), és nem is az az ötszáz kis kínai bioinformatikus, akiket megemlítenek a legérdekesebb, hanem a felhívás, ami az e-mail-ben van:
Együttműködőket keresnek a 100 millió dollárból indítandó 1000 növényi és állati referencia és 10 ezer mikroorganizmus genomprogramhoz! Hú, ez már valami lenne! Legutoljára a néhány éve(!) a Solanaceae genomhálózaton írtak egy grandiózus tervről, hogy megszekvenálnának 1000, a Solanaceae családba tartozó (pl. burgonya, dohány, paradicsom, paprika, tojásgyümölcs stb.), és közeli rokon (például a kávé) növényi genomot. Persze most már a google-ban se találtam hírtelen erről semmit, de talán akkor még nem volt érett erre a technológia?
És mi lesz ebből vajon? Sajnos van egy-két gyanús dolog:

  1. 1.    A százmillió dollár, amiről írnak (és remélhetőleg nem tartalmazza a gépek beszerzési árát) azt jelenti, hogy gépenként 780 ezer a költségvetés, ami 35-40 futásra elég (2x10e dollár a mostani vegyszerköltség), de ehhez még hozzájárul természetesen a munkaköltség, a számítógépszerverek beszerzése (egy külön poszt témája lesz, hogy mennyire nehéz ezt számítástechnikai szempontból megoldani), és persze az elektromos áram. Úgy tűnik a mintaelőkészítésre se jut, hiszen a felhívás erről szól.
  2. 2.    Megnéztem a cég honlapját (Biotaq), és háát, finoman szólva nem igazán tűnik egy profi, kiforrott, (bizalmat ébresztő) honlapnak, a kapcsolattartó (sales manager) pedig Dr. Noel Chen, akinek véletlenül eléggé kínaiasan hangzik a neve…
  3. 3.    Egyelőre nem hangos az internet a hírtől, pedig ha igaz lenne, akkor nagyon nagy jelentőségű.


Szóval kíváncsian várom a fejleményeket, és azért persze drukkolok, mert nagyon nagy jelentőségű lenne a genomika szempontjából, és nekem is lenne mit írni a blogban egy ideig.
 

Szólj hozzá!

Címkék: állat növény ngs napihír illumina

A bejegyzés trackback címe:

https://genomika.blog.hu/api/trackback/id/tr941804425

Kommentek:

A hozzászólások a vonatkozó jogszabályok  értelmében felhasználói tartalomnak minősülnek, értük a szolgáltatás technikai  üzemeltetője semmilyen felelősséget nem vállal, azokat nem ellenőrzi. Kifogás esetén forduljon a blog szerkesztőjéhez. Részletek a  Felhasználási feltételekben és az adatvédelmi tájékoztatóban.

Nincsenek hozzászólások.